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今般、社会福祉法人制度改革に伴う租税特別措置法第40条の適用に関するQ&Aについて、別添のとおりまとめましたので、お示しいたします。
なお、改めて、租税特別措置法第40条の適用に関する事項は各法人の判断であり、所轄庁が一律に指導するものではないことに留意いただくようお願いいたします。
また、都道府県におかれましては、貴管内の市（指定都市及び中核市を除き、特別区を含む。）に対して周知いただきますようお願いいたします。
本事務連絡については、国税庁と協議済みであることを申し添えます。
なお、改めて、租税特別措置法第40条の適用に関する事項は各法人の判断であり、所轄庁が一律に指導するものではないことに留意いただくようお願いいたします。
また、都道府県におかれましては、貴管内の市（指定都市及び中核市を除き、特別区を含む。）に対して周知いただきますようお願いいたします。
本事務連絡については、国税庁と協議済みであることを申し添えます。
【社会福祉法人からの問合せへの対応】
直ちに国税庁長官の非課税承認が取り消されることはなく、税務署等からの指摘の際に、租税特別措置法第40条の適用要件を満たす定款へ改正すれば取り消されない。
問１ 過去に租税特別措置法第40条の適用を受けていた法人が、失念等により、租税特別措置法第40条の適用を前提としない定款例に沿った内容の定款に改正した場合に、直ちに国税庁長官の非課税承認が取り消されることになるのか。
（答）直ちに国税庁長官の非課税承認が取り消されることはなく、税務署等からの指摘の際に、租税特別措置法第40条の適用要件を満たす定款へ改正すれば取り消されない。
【所轄庁監査の際の対応】
１．法人においては、社会福祉法等に基づく親族等特殊関係者（３親等以内）の制限については遵守しているが、租税特別措置法第40条の適用要件を満たす定款に改正したため、親族等特殊関係者（６親等以内）の制限に抵触することになった場合には、直ちに文書
指摘等を行うことはせず、次回の評議員会で理事を選任し直すよう助言することが適当である。
問１ 租税特別措置法第40条の適用要件を満たす定款に改正したにもかかわらず、監査において、理事等について、親族等特殊関係者（４～６親等以内の親族等）が３分の１を超えて含まれていることが判明した場合には、どのように対応するべきか。
（答）１．法人においては、社会福祉法等に基づく親族等特殊関係者（３親等以内）の制限については遵守しているが、租税特別措置法第40条の適用要件を満たす定款に改正したため、親族等特殊関係者（６親等以内）の制限に抵触することになった場合には、直ちに文書
指摘等を行うことはせず、次回の評議員会で理事を選任し直すよう助言することが適当である。
２．なお、評議員・監事においても、直ちに文書指摘等を行うことはせず、法人における準備期間を考慮して、一定期間の猶予を設けることが適当である。
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いろいろツッコミどころはあるかもしれませんが、今回のが国の公式見解ということのようで・・・
